Az egészségügy által felhasznált PHARE támogatások 1999-től a 2006. évi zárásig összességükben meghaladták a 37 millió eurót. Mivel az EU joganyag az egészségügyet érintően csak a népegészségügy területét szabályozza, a támogatások elsősorban az Állami Népegészségügyi és Tisztiorvosi Szolgálat fejlesztésére irányultak.

2002. április - 2006. május 31. között valósult meg a HU2002/000-180-02-03 sz., „Magyarország fertőző betegségekkel szembeni járványügyi biztonságának megőrzése és fejlesztése" c Phare program.

A projekt fő célja Magyarország uniós tagságának és kompatibilitásának elősegítése a fertőző betegségekkel szembeni járványügyi biztonság megőrzése és fejlesztése révén, amelynek eredményeképpen megteremtődtek a gyors reagálóképesség diagnosztikai feltételei, rendkívüli események, veszélyhelyzetek (pl. bioterrorizmus) esetére.

A projekt távolabbi célja volt Magyarország járványügyi biztonságának, illetve kapuőr szerepének az egész EU számára történő erősítése, a csatlakozásra való felkészülés és azt követően a megfelelőség támogatása.

A projekt gazdája az Egészségügyi Minisztérium, ill. jogelődje az ESZCSM volt, végső kedvezményezettjei: az Országos Epidemiológiai Központ (OEK), valamint a Baranya, Borsod-Abaúj-Zemplén, Csongrád és Veszprém megyei ÁNTSZ intézeteiben működő regionális mikrobiológiai laboratóriumok.

A projekt céljának és tervének megfelelően kialakult a járványügyi biztonság diagnosztikai hátterét biztosító laborhálózat regionális hierarchiája. Megtörtént az öt regionális és egy központi mikrobiológiai laboratórium fejlesztése - az OEK laboratóriuma a fejlesztés után csúcslabor funkciókat tölt be. A laboratóriumok részére európai színvonalú, a diagnosztikai és laboratóriumi munkát támogató műszerek, eszközök beszerzésére került sor nemzetközi és hazai eljárások keretében. 5 kibocsátott tender szerződései alapján több mint 1100 db műszer került leszállításra.

Sikeresen megvalósult az OEK-nél a Nemzeti Biztonsági Laboratórium felújítása és modernizációja, amely a legmagasabb biztonsági követelményeket (BSL4 szint) kielégítő színvonalú, speciális védelmi rendszerekkel biztosítja, hogy az ismeretlen és veszélyes kórokozókkal való munkavégzés sem a dolgozókra, sem a környezetre ne jelentsen ártalmat. Megtörtént a biztonsági laboratórium személyzetének elméleti és gyakorlati kiképzése, a BSL 3 és BSL4 munkavégzési kultúra ismételt meghonosítása. Fejlesztésre került az OEK AIDS referencia laboratórium és prion-vizsgáló laboratórium létesült BSL3 szintű biztonsági feltételek között.

A projekt megvalósítása során hazai forrásból történt a mikrobiológiai laboratóriumok akkreditálása. 11 labor összesen 355 vizsgálatra nyújtotta be akkreditációs kérelmét, amelyek alapján a Nemzeti Akkreditálási Testület az eljárásokat lefolytatta, s az akkreditálásról szóló, 2010-ig érvényes határozatokat kibocsátotta.

.